Akbar Ganji foi detido en abril de 2000, xunto con outros 17 xornalistas e intelectuais iranís que participaran nunha conferencia cultural en Berlín. Foi condenado a 10 anos de cárcere por "tomar parte nun delito contra a seguridade nacional" e por "facer propaganda contra o sistema islámico", pero a súa condena foi reducida a seis meses en apelación.

En xullo de 2001 volveu a ser procesado por "recabar documentos oficiais confidenciais para pór en perigo a seguridade do estado" e por "difundir propaganda", e condenado a seis anos de prisión. En 2000 escribiu unha serie de artigos, que máis tarde foron publicados en forma de libro, nos que implicaba a varios funcionarios de alto nivel na sucesión dos coñecidos como "asasinatos en serie", en 1998, de varios destacados escritores e activistas políticos. Entre os implicados nos artigos encontrábase o ex presidente, Akbar Hashemi Rafsanjani.